液相色谱仪的溶剂成本高于气相色谱仪，易污染环境。液相色谱仪的梯度洗脱操作比气相色谱仪复杂。液相色谱仪的检测器不如气相色谱仪的检测器。液相色谱仪不能替代气相色谱仪分离组成十分复杂的物质。液相色谱仪不能替代中、低压柱色谱仪分离受压易分解、变性的具有生物活性的生化样品。

　　气相色谱仪原理：

　　气相色谱法是利用气体作流动相的色层分离分析方法。汽化的试样被载气(流动相)带入色谱柱中，柱中的固定相与试样中各部份分子作用力不同，各部份从色谱柱中流出时间不同，部份彼此分离。采用适当的鉴别和记录系统，制作标出各部分流出色谱柱的时间和浓度的色谱图。根据图中表明的出峰时间和顺序，可对化合物进行定性分析;根据峰的高低和面积大小，可对化合物进行定量分析。具有效能高、灵敏度高、选择性强、分析速度快、应用广泛、操作简便等特点。适用于易挥发有机化合物的定性、定量分析。对非挥发性的液体和固体物质，可通过高温裂解，气化后进行分析。可与红光及收光谱法或质谱法配合使用，以色谱法做为分离复杂样品的手段，达到较高的准确度。是司法鉴定中检测有机化合物的重要分析手段。

　　液相色谱仪原理：

　　液相色谱法就是用液体作为流动相的色谱法。1906 年植物学家茨维特(M.S.Tswett)将植物色素提取液加到装有碳酸钙微粒的玻璃柱子上部，继而以石油醚淋洗柱子，结果使不同的色素在柱中得到分离而形成不同颜色的谱带，每个色带代表不同的色素。从此，这类方法均称为色谱法。随着色谱技术的发展，色谱法不仅可以用于分离有色物质，而且广泛地运用于分离无色物质，尤其是有机化合物。