液质联用仪主要应用于药物代谢及药物动力学研究、临床药理学研究、天然药物（中草药等）开发研究、新生儿筛选、蛋白与肽类的鉴定、残留分析、毒物分析、环境分析－安保、环保、食品、自来水、卫生防疫等行业。